Die laufenden Geschäfte des Instituts führt ein Vorstand, dem neben dem Institutsdirektor als geschäftsführendem Vorstandsmitglied (Prof. Dr. Peter Haslinger) und dem Verwaltungsleiter des Instituts (Dr. Christian Schmidt) zwei weitere Personen angehören.
Das Kuratorium überwacht die Rechtmäßigkeit, Zweckmäßigkeit und Wirtschaftlichkeit der Geschäftsführung. Es hat ein umfassendes Informationsrecht und entscheidet in allen grundsätzlichen Angelegenheiten des Instituts.
Im Verein Herder-Institut e.V. sind 18 korporative Mitglieder, zumeist Institutionen und Fachgesellschaften, die sich in besonderer Weise der historischen Ostmitteleuropaforschung verbunden fühlen.
Der Leibniz Chair wird an herausragende Forschungspersönlichkeiten, die mit einem Leibniz-Institut in enger wissenschaftlicher Zusammenarbeit stehen, in Würdigung ihrer besonderen Verdienste vergeben.
